为大力协同做好原子弹研制工作，1962年10月30日，罗瑞卿在向中共中央写报告，建议成立中央十五人专门委员会。11月3日，毛泽东批示：“很好，照办。”12月14日，中共中央决定，成立由周恩来（任主任）、贺龙、李富春、李先念、薄一波、陆定一、聂荣臻、罗瑞卿、赵尔陆、张爱萍、王鹤寿、刘杰、孙志远、段君毅、高杨组成的中央十五人专门委员会（简称中央专委）。专委会办公室设在国防工办。

1963年2月至1965年2月，国务院第二、第三、第四、第五、第六、第七机械工业部的业务工作，都由国防工办归口管理。1963年9月，中共中央决定撤销中央军委国防工业委员会，其任务并入国防工办。这样基本理顺了国防工业的领导体制。

国防科研体系的建立

中国国防工业在初步掌握现代制造技术之后，建立相应的科研机构，着手自行研究和设计武器装备，就成为继续前进的目标。

成立国防部航空工业委员会

1955年 1月15日，中共中央书记处扩大会议作出发展原子能事业、研制原子弹的决定。1956年2月，受周恩来委托，钱学森起草了关于《建立我国国防航空工业的意见书》，提出了我国火箭、导弹事业的组织方案、发展计划和具体措施。1956年3月14日，周恩来主持中央军委会议，决定组建导弹航空科学研究方面的领导机构——航空工业委员会（简称航委）。4月13日，国防部办公厅通知：“国务院决定，为了发展航空工业，成立航空工业委员会，直属国防部。

组建导弹研究院——国防部第五研究院

为加快导弹研究院的组建工作。1956年10月8日，经中央军委批准，国防部第五研究院正式成立。钟夫翔为国防部第五局局长，钱学森为国防部第五局第一副局长兼总工程师、国防部第五研究院院长。有关无线电电子学方面的研究组织工作，由王诤负责。先组建的自动控制、无线电定位两个研究所，由国防部第五局直接领导。1957年3月1日，国防部五局正式撤销并入国防部五院。

1957年10月15日，中苏两国政府签订《关于生产新式武器和军事技术装备以及在中国建立综合性的原子工业的协定》（简称“10月15日协定”或“国防新技术协定”）。为适应国防新技术协定签订后的新情况和新任务，国防部五院在原10个研究室的基础上成立两个分院，分别承担导弹总体、火箭发动机和控制导引系统的研究工作。随着导弹仿制工作全面展开，中央军委决定加快国防部五院一分院、试验站、空气动力研究所、二分院等4项工程的建设。到1961年，五院已建成了3个分院，为导弹研制奠定了基础。

成立国防部国防科学技术委员会

为了适应形势的发展，加强国防科技研究工作的组织领导和规划协调，1958年9月，聂荣臻代中央军委起草了给周恩来并毛泽东、中共中央的《关于改组国防部航空工业委员会为国防部国防科学技术委员会的报告》。9月25日，军委第157次会议通过了聂荣臻起草《关于改组国防部航空工业委员会为国防部国防科学技术委员会的报告》。10月16日，中共中央批转了中央军委的报告，中央在指示中说，为了适应形势的发展，目前急需把研究设计、试制和使用三方面密切结合起来，同意成立国防部国防科学技术委员会（简称国防科委）。聂荣臻任主任，陈赓任副主任。1960年4月1日，国防部任命刘亚楼、张爱萍兼任国防科委副主任。

国防科委的成立，标志着在中共中央、国务院、中央军委领导下，有了统一管理国防科技发展工作的机构，加强了对国防科技工作的集中统一领导，有利于国防科技重大决策和一系列方针、政策的贯彻执行，从而加速了国防科技事业的发展。

组建国防部第六、第七、第十研究院

至1960年代前期，中国国防工业已初具规模。在此期间，为了适应武器装备发展的需要，国防工业部门先后组建了一些国防科研机构。中国人民解放军各军兵种也相继成立了一些研究机构，对常规武器装备的研制，起了一定的积极作用，但从总体来看，这些科研机构研制力量分散重复，专业门类不全，不能形成集中的攻坚力量。

为进一步加强对国防科学技术研究工作的组织领导，国防科委在国防部五院建设经验的基础上，于1959年12月向中央军委呈送报告，提出：为进一步加强对国防科学技术研究工作的组织领导，加速国防科学技术的发展，建议组建无线电电子学研究院、航空研究院和海军舰艇研究院。

1960年12月，中央军委发出了《关于组建航空、舰艇、军事无线电电子学等三个研究院的通知》。通知说：上述3个研究院从1961年1月，正式列入军队编制，番号分别为国防部第六、第七、第十研究院，业务工作由国防科委统一领导。3个研究院的主要任务是负责军用飞机、舰艇、军事电子装备的研制，并解决仿制、引进中的技术问题。

到20世纪60年代初，国防科委拥有38个单位，约8万人，形成了一支尖端和常规武器装备的研制队伍，初步建立了一个比较配套的国防科研体系。

“部院合并”

1962年后，国内外形势有了很大变化，国家安全受到严重威胁，中共中央作出“备战整军”的决定，常规兵器的生产更加受到重视。国防工业部门关于尖端与常规的关系问题、科研试制与生产的关系问题的争论不断出现。国防工业部门的领导提出改变管理体制，将国防工业部与有关国防研究院合并的建议，即所谓“院部合并”，由此在国防科技工业系统内引发了关于这个问题的较长时间的讨论。